Sous l'épaisse couche atmosphérique, on a découvert une planète riche en ressources dont la Terre manque cruellement. A la surprise générale, les premiers vaisseaux colonisateurs (les 'scout runner') y découvrent également des reliques d'une ancienne civilisation. Celle-ci a disparu, probablement à cause de l'énorme tempête magnétique qui fait rage sur la moitié de la planète, se déplaçant rapidement.

A la tête d'une compagnie, vous allez alors exploiter le sol avec vos laboratoires et y découvrir de précieuses reliques pour satisfaire les 'Commanders' scientifiques et ceux de l'administration. Une véritable course aux points de réputation, par votre gestion, va alors s'engager tout en luttant contre un climat agressif.

Magnastorm est un jeu de plateau tactique avec très peu de hasard. Choisissez le bon moment pour faire des actions ou acheter de l'influence auprès des commandants. Vous irez vers la victoire grâce à la gestion des ressources, à une logistique intelligente, à un bon timing et à un œil avisé sur les actions de vos adversaires. À la fin du jeu, chaque joueur reçoit l'une des 120 cartes de récompense, qui peuvent être utilisées dans les jeux ultérieurs pour compenser les différents niveaux des joueurs.